La historia de la Virgen de Luján comienza en el año 1630. Un hacendado portugués que tenía su estancia en lo que hoy es Santiago del Estero le pidió a un compatriota que le enviara desde Brasil una imagen de la Inmaculada Concepción de María. Así fue que recibió dos imágenes, con la opción de elegir una de ellas.
Cuando las imágenes llegaron al Puerto de Buenos Aires estaba planeado que partirían hacia su destino final, donde vivía el hacendado. Sin embargo, a poco de comenzar el camino, una de las carretas que llevaba ambas una de las imágenes se detuvo sin motivo aparente en Zelaya, partido de Pilar, Buenos Aires.
Los vecinos de la zona colaboraron para mover la carreta, pero no pudieron. Entonces pidieron saber cuál era el contenido de los cajones y se enteraron que en uno de ellos de trasladaba la imagen de la Virgen, que luego quedaría depositada a orillas del Río Lujan.
Decidieron llevar la imagen de la Virgen hasta la estancia más cercana. Allí quedó instalada en una ermita hasta que se le pudiera hacer una capilla. Todo ocurrió en la zona de Pilar, donde subsiste todavía un vado del río Luján, que hoy es conocido como Pasaje de la Virgen.
Con el paso del tiempo, se presentó una vecina que se comprometió a mantener su culto sin importar lo que pudiera costarle. Ofreció sus tierras, cinco leguas más lejos, sobre el río Luján. Pese a la resistencia inicial de los fieles, se aceptó la propuesta y allí es donde se construyó la Basílica que se conoce en todo el país.