Afinales de 1834 y enemistados por la autonomía de Jujuy, estalló una guerra civil entre los gobernadores de Salta y Tucumán. Frente a ello, el gobernador porteño Manuel Vicente Maza envió a mediar al general Facundo Quiroga.
Tras hacer oidos sordos a los avisos que aseguraban que querían matarlo, a mitad de camino se entera que la guerra había terminado.
El 16 de febrero, una partida emboscó su carruaje en Barranca Yaco, en el norte de Córdoba, y al asomarse Quiroga por la ventana recibió un tiro en un ojo. Tras ello, su cuerpo fue luego tajeado y lanceado, y todos los demás miembros de la comitiva fueron asesinados también.
Después de veinte meses de juicio, los responsables de la emboscada y muerte de Quiroga, fueron fusilados en Plaza de la Victoria.
El cuerpo de Quiroga fue inhumado en la Catedral de Córdoba. Se lo trasladó en 1946 a la bóveda de los Quiroga en Recoleta.